Ο Παναγιώτης Κονδύλης είναι απόφοιτος τμήματος χημείας του Πανεπιστημίου Αθηνών (1984). Έκανε μεταπτυχιακές σπουδές στην Οργανική Χημεία από το Πανεπιστήμιο Paris XI (1985) και διδακτορικό δίπλωμα από το τμήμα Χημείας Πανεπιστημίου Αθηνών (1990).