Η Μαρία Πουρνάρη γεννήθηκε στη Χαλκιδική και σπούδασε μαθηματικά και φιλοσοφία στο Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων, του οποίου, το 1994, αναγορεύτηκε διδάκτωρ φιλοσοφίας. Έχει διδάξει στο Πάντειο Πανεπιστήμιο Κοινωνικών και Πολιτικών Επιστημών, στο Εθνικό Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών, στο Πανεπιστήμιο Πατρών και στο Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο. Από το 2003 είναι επίκουρη καθηγήτρια Φιλοσοφίας στο Παιδαγωγικό Τμήμα Δ.Ε. του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων.

Τα ερευνητικά ενδιαφέροντά της στρέφονται στην επιστημολογία, τη φιλοσοφία της επιστήμης, τη γνωσιακή επιστήμη, τη μεταφυσική και τη νεότερη φιλοσοφία. Είναι η συγγραφέας του βιβλίου "David Hume: Η κριτική της αιτιότητας ως απόπειρα θεμελίωσης μιας "Αληθούς Μεταφυσικής" "(αδημοσ. διδακτορική διατριβή, Ιωάννινα 1994).