Ο Αιμίλιος Τσεκένης γεννήθηκε στην Ντουάλα του Καμερούν. Μετά το μεταπτυχιακό του, ολοκλήρωσε το διδακτορικό του στην κοινωνική ανθρωπολογία στην Ecole des hautes etudes en sciences sociales στο Παρίσι το 2000. Από το 2001 διδάσκει κοινωνική ανθρωπολογία στο Τμήμα Κοινωνικής Ανθρωπολογίας και Ιστορίας του Πανεπιστημίου Αιγαίου. Από το 1995 έως και το 2011 διεξήγαγε επιτόπιες έρευνες στο δυτικό και νότιο Καμερούν. Τα ερευνητικά του ενδιαφέροντα και το δημοσιευμένο έργο του αφορούν τις διαδικασίες ενδογένεσης και τον θεσμό της «φυλαρχίας» στα Grassfields (δυτικό Καμερούν) κατά την προ-αποικιακή περίοδο, ενώ τα τελευταία χρόνια έχει επικεντρωθεί στη δημοσίευση μελετών που αφορούν την εννοιολόγηση και την τελετουργική συγκρότηση του προσώπου και τους λόγους περί μαγγανείας στο μετα-αποικιακό Καμερούν.